Сегодня для поиска ошибки пришлось прбежаться в поисках проблемного плагина и пока бегал отключил плагин авторизации Authentication, в результате имею для любого пользователя на входе в админку и на сайт сообщение "Имя пользователя и пароль не совпадают или учетная запись отсутствует".

Решение проблемы в PHPMyAdmin, в таблице jos_plugins, одним из первых идет плагин Authentication — Joomla, параметр `published` = '1', должна быть еденица.