Адрес отправителя письма-уведомления о заказе Virtuemart, а так же прочие уведомления приходящие с сайта (jcomments, Kuneva) на мой адрес, т.е. адрес администратора сайта, вместо указаного в Joomla и Virtuemart имели вид некоего адреса выделенного мне хостером. 

Я долго ломал голову над тем что не так в настройках сайта, для отправки почты я использую стандартный способ php mail. В итоге выяснилось, что дело не в сайте, а настройках хостинга.

Мой хостинг www.nic.ru и мне было нужно добавить email администратора сайта в список доверительных адерсов в Панели управлени хостингом в разделе Веб-сервер/Почта Веб-Сервера.